Le CERN émet deux types de factures : les factures périodiques et les appels de fonds (RFF).

• Les factures périodiques sont des factures émises automatiquement utilisées pour les Third-Party Accounts qui fonctionnent par remboursements, c’est-à-dire pour lesquels le CERN avance les fonds et l’institut rembourse en réglant les factures. Cela concerne généralement les Visiting Research Team Account.
• Les appels de fonds sont des factures créées manuellement avec le formulaire RFF dans EDH. Leur but est d’alimenter le Third-Party Account avant que les dépenses n’aient lieu. Elles sont en général utilisées pour les Collaboration Accounts. 

Il n'est pas autorisé de transférer des fonds à un Third-Party Account sans facture. Le règlement des factures doit être effectué par virement bancaire et doit mentionner les références des factures concernées.

Le département FAP est le seul habilité à recevoir les produits, à établir les factures (incluant les factures « pro forma » , à l'exception des services autorisés), et à établir des reçus (sur demande).